En el 2014 se le nominó en el cargo. En los peores momentos del ministerio de Educación en el actual gobierno de Michelle Bachelet, particularmente por materias vinculadas a normar la gratuidad –promesa de campaña- se le criticaba profundamente.
Francisco Martínez era jefe de la División de Educación Superior del Ministerio de Educación, hasta esta jornada, según Radio ADN.
Sin embargo, se hará cargo de labores asesoras en la reforma de educación superior, y Martínez aclaró que su puesto no es una renuncia, sino un rediseño dentro del ministerio.
La salida de este funcionario se genera tras la renuncia de su jefe de gabinete, Jorge Burgos Muñoz (PPD), el que fue reemplazado por Pedro Ampuero (DC).