La Moneda optó por actuar rápido. Tras la sorpresiva renuncia del ministro del Interior, Jorge Burgos, en medio de la polémica por la querella de la Presidenta Bachelet a revista Qué Pasa, se designó a Mario Fernández Baeza como titular de Interior.
Fernández es abogado de la Universidad de Chile, académico y militante de la Democracia Cristiana. Fue ministro secretario general de la Presidencia durante el gobierno de Ricardo Lagos. También fue subsecretario de Aviación y de Guerra durante los gobiernos de los presidentes Patricio Aylwin y Eduardo Frei Ruiz-Tagle.
Entre junio de 2003 y fines de 2005 se desempeñó como Embajador de Chile en Alemania. Es autor y coautor de ocho libros y de una cincuentena de artículos académicos sobre temas de Ciencia Política y Derecho Público.
Fue nombrado Ministro del Tribunal Constitucional por la unanimidad de votos en la Cámara de Diputados y del Senado, a partir del 1º de Enero de 2006.