Nació en el seno de una familia acomodada de Santiago y durante su juventud se desenvolvió en ese ambiente. Pero luego decidió dar un vuelvo y entrar a la Compañía de Jesús para ser sacerdote, vocación que volcó hacia los más indefensos.
José Aldunate destacó por su férreo activismo contra las violaciones cometidas en la dictadura: en la década de los 80 lideró el movimiento de la no violencia activa Sebastián Acevedo, formado para denunciar pacíficamente, la práctica sistemática de detención ilegal, la tortura y la desaparición de personas.
Ayudó a ciudadanos perseguidos a trepar por los muros de las embajadas para lograr asilo y dirigió una revista clandestina. Bajo el alero de la Iglesia dirigida por el cardenal Raúl Silva Henríquez, Aldunate cimentó las bases de lo que luego se transformaría en la Vicaría de la Solidaridad.
A los 99 años ganó el Premio Nacional de Derechos Humanos 2016, entregado por el INDH. El cura obrero, como se le conoce popularmente, participaba del debate público hasta hace poco, pero ahora por su estado de salud tiene una vida más tranquila.
